Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Nos intestins sont peuplés par près de 10 000 milliards de bactéries, champignons et levures. Comme le précise l’Inserm, un microbiote désigne “l’ensemble des micro-organismes – bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes, dits commensaux – qui vivent dans un environnement spécifique”. C’est donc cet ensemble de micro-organismes qui constitue notre microbiote intestinal. L’Inserm précise qu’il est “principalement localisé dans l’intestin grêle et le côlon, réparti entre la lumière du tube digestif et le biofilm protecteur formé par le mucus intestinal qui recouvre sa paroi intérieure”. 

La présence de micro-organismes dans l’intestin est connue depuis plus d’un siècle, mais le manque d’instruments pour les étudier a pendant longtemps rendu impossible de prendre conscience de son rôle majeur pour notre santé. On sait désormais que la flore intestinale joue un rôle fondamental dans la digestion en participant à la dégradation des aliments complexes comme les fibres végétales et l’amidon. Par sa présence, le microbiote intestinal protège également l’organisme des virus et bactéries pathogènes. Il est donc essentiel de prendre des bonnes habitudes pour le protéger

“L’acidité gastrique n’étant pas favorable à la présence de la plupart des micro-organismes, l’estomac héberge cent millions de fois moins de bactéries commensales que le côlon", explique l’INSERM sur son site Internet. Il se constitue essentiellement durant la naissance et les 2 ou 3 premières années de vie.

Microbiote intestinal : quels facteurs peuvent le dérégler ?

Microbiote intestinal : quels facteurs peuvent le dérégler ?© Istock

Il y a des points communs entre les individus, mais chaque personne a son propre microbiote intestinal avec une signature unique. Néanmoins, les facteurs qui peuvent venir le perturber sont, à différents degrés, les mêmes pour tous :

  1. certains additifs alimentaires : c’est notamment le cas du carboxyméthylcellulose (CMC), un émulsifiant présent dans de nombreux plats industriels qui peut favoriser l’inflammation au niveau intestinal, selon l’Inserm ;
  2. les aliments pro-inflammatoires : les produits transformés, les viandes rouges et les charcuteries, les sucres raffinés, etc ;
  3. la prise de certains médicaments : antibiotiques, etc ;
  4. le stress ;

Une fois la flore déséquilibrée, les médecins parlent de “dysbiose intestinale”.

Microbiote intestinal : quels sont les signes qu’il est déréglé ?

Microbiote intestinal : quels sont les signes qu’il est déréglé ?© Istock

La composition des microbiotes s’avère être étroitement liée à notre santé. Un changement de la variété et de la diversité des micro-organismes contenus dans le microbiote constitue un déséquilibre, appelé dysbiose. Depuis quelques années, les médecins associent les dysbioses du microbiote à des vulnérabilités aux infections et à diverses pathologies immunitaires, métaboliques ou inflammatoires.

Le microbiote intestinal joue parfois un rôle primordial dans le bon fonctionnement de notre organisme, mais comment savoir si notre microbiote est en bonne santé ou s’il est déréglé ? Medisite vous aide à faire le point sur les signes qui doivent vous alerter.

1 - Des troubles digestifs récurrents : 

Un déséquilibre du microbiote peut se traduire par des troubles digestifs fréquents, voire chroniques. Ils peuvent toucher différentes parties du tube digestif et se révéler ainsi par des ballonnements, de la constipation, des diarrhées, des reflux gastro-œsophagiens ou des maux de ventre.

"Il n’est pas toujours facile d’identifier les causes de ces troubles qui peuvent être dus au stress, mais qui sont aussi souvent liés à un microbiote déséquilibré", écrit Daniel Sincholle, docteur en pharmacie et pharmacologue spécialisé en nutrition dans son ouvrage Le nouveau guide des probiotiques (Thierry Souccar Editions, 2018).

2 - Une anxiété récurrente : 

Le stress, la dépression et l’anxiété peuvent être le signe d’un dérèglement du microbiote. En effet, "intestin et cerveau communiquent et des recherches récentes ont mis en évidence des troubles du microbiote chez les personnes anxieuses et déprimées", assure le docteur Sincholle dans son livre. 

Que faire pour rétablir l’équilibre de son microbiote et lutter contre l’anxiété ? "Certains probiotiques par voie orale peuvent diminuer le niveau de cortisol, l’hormone du stress, dont le niveau est élevé dans les troubles anxieux" propose le docteur en pharmacie. "Un probiotique est une bactérie ou une levure extérieure à notre organisme et à notre microbiote - l’ensemble des bactéries de notre organisme - qui apporte un effet positif sur notre santé", expliquait à Medisite le docteur Richard Haddad, médecin généraliste spécialisé en nutrition.

3 - Des maladies à répétition : 

Si vous avez une immunité qui laisse à désirer et tombez malade chaque hiver, c’est peut-être votre microbiote qui est en cause. C’est en effet "le signe que votre système immunitaire ne remplit pas complètement ses fonctions", selon le docteur Sincholle. Or, "le microbiote est l’un des éléments qui concourent à l’immunité" selon le pharmacien.

4 - Prise de poids inexpliquée :

"Les chercheurs pensent que la flore intestinale influence la sensation de satiété, la régulation de l’appétit et le niveau de certaines hormones impliquées dans la gestion du poids comme la leptine", nous apprend le docteur Sincholle dans son livre. Une hypothèse confirmée récemment par une étude de scientifiques de l’Institut Pasteur, de l’Inserm et du CNRS, publiée dans la revue Science le 15 avril dernier. Elle révèle que des neurones de l’hypothalamus, glande du cerveau, détectent directement “les variations de l’activité bactérienne et adaptent l’appétit et la température corporelle en conséquence”. Comme le rapporte le communiqué de l’Inserm publié le 15 avril dernier, leurs résultats démontrent ainsi l’existence d’un “dialogue direct entre le microbiote intestinal et le cerveau”. Une découverte qui pourrait être exploitée pour de nouvelles approches thérapeutiques contre les troubles métaboliques, tels que le diabète ou l’obésité.

5 - Des diarrhées après un traitement antibiotique

Il arrive que la prise d’un traitement antibiotiques puisse dérégler le microbiote intestinal et être à l’origine de troubles digestifs, comme des diarrhées. Si c’est votre cas, "ce peut être le signe que votre intestin n’abrite pas suffisamment de bonnes bactéries", selon le docteur Sincholle. "Les antibiotiques éliminent à la fois des bactéries pathogènes et des bactéries utiles, mais si ces dernières ne sont pas en nombre suffisant et pas suffisamment diversifiées, elles peuvent être supplantées par des bactéries mois favorables, ce qui peut conduire à une inflammation intestinale et la diarrhée", détaille en effet le pharmacien.

Microbiote intestinal : l’alimentation et les bonnes pratiques à adopter

Microbiote intestinal : l’alimentation et les bonnes pratiques à adopter© Istock

La dysbiose, c’est-à-dire l’altération et le dérèglement du microbiote intestinal, est même “une piste sérieuse pour expliquer certaines maladies, notamment parmi celles sous-tendues par des mécanismes auto-immuns ou inflammatoires”. Afin d ’assurer préventivement une bonne santé intestinale et protéger votre flore, il est important d’avoir de bonnes habitudes afin de le protéger au quotidien.

1 - Un régime pauvre en FODMAP

La santé de notre microbiote intestinal dépend avant tout de ce que nous mangeons. En pratique, un régime riche en aliments transformés et en restauration rapide pourra tuer les bactéries bénéfiques de votre intestin qui améliorent la digestion et renforcent le système immunitaire. À l'inverse, "le régime pauvre en FODMAP est un bon exemple de régime bénéfique pour l'intestin", explique pour le site Eat This, Not That ! le docteur Jonathan Kung, gastro-entérologue à New York.

Pour rappel, les FODMAP rassemblent les glucides à chaîne courte, les disaccharides, les monosaccharides et les alcools associés, peu absorbés par l'intestin grêle. Ce régime restreint certains glucides simples qui sont difficiles à digérer pour certaines personnes, et privilégie les aliments complets. "Une alimentation riche en antioxydants, comme les fraises, les myrtilles, les framboises, les épinards, le chou frisé, le thé vert et même le chocolat noir, peut contribuer à prévenir ou à réduire les déséquilibres intestinaux", explique le Dr Kung.

2 - La prise de probiotiques en compléments alimentaires

La prise de probiotiques peut être bénéfique pour l'intestin. Selon la faculté de médecine de l'université Harvard, ils pourraient améliorer des problèmes tels que la diarrhée ou le syndrome du côlon irritable. La prise de probiotiques serait aussi efficace contre la constipation, car elle ralentirait le "temps de transit intestinal", augmentant le nombre de selles hebdomadaires.

Les probiotiques sont composés de souches bactériennes. Les plus importantes sont : Bifidobacterium bifidum (qui stimule le système immunitaire et facilite la digestion), Lactobacillus acidophilus (nécessaire en cas de troubles digestifs), Bifidobacterium longum (indispensable à l’équilibre du microbiote), Lactobacillus casei (qui joue un rôle anti-infectieux) et Lactobacillus gasseri (pour rétablir la flore microbienne).

Joël Doré, micro­biologiste et directeur de recherche à l’Institut national de la recherche agronomique (Inra), précise toutefois auprès de l’UFC-Que Choisir que “les effets sont dépendants de la souche, on ne peut pas extrapoler les résultats de l’une à l’autre”. “Or, de nombreuses sociétés mettent des souches de probiotiques sur le marché sans les avoir testées”, met-il en garde.

Il existe également des aliments riches en probiotiques naturels. "Je préconise la consommation d’aliments lacto-fermentés comme le yaourt au bifidus ou encore le Kimchi au moins 2 fois par par semaine, car cela permet d’augmenter les apports de pré et de probiotiques bonnes pour un microbiote performant", confie à Medisite le nutritionniste Raphaël Gruman.

3 - Un régime alimentaire riche en fibres

Avoir une alimentation riche en fibres est également importante pour la santé intestinale. Pour maintenir un bon équilibre intestinal, une alimentation riche en fibres alimentaires permet d’assurer un bon apport en prébiotiques, mais aussi de produire d’autres composés tels que les acides gras à chaîne courte ayant des effets bénéfiques sur l’écosystème intestinal.

En pratique, c'est lorsque les fibres commencent à fermenter dans le gros intestin que les bonnes bactéries intestinales sont produites et que les bactéries nuisibles sont supprimées. Les fibres sont des prébiotiques, c'est-à-dire que les probiotiques les utilisent comme nourriture.

Ainsi, si vous prenez des probiotiques dans l'espoir d'améliorer votre santé intestinale sans consommer suffisamment de fibres, ces compléments alimentaires ne seront pas aussi efficaces. Les apports quotidiens recommandés pour un bon transit intestinal sont de l'ordre de 30 à 45 g de fibres par jour.

4 - Limiter sa consommation d’alcool

La consommation chronique d’alcool a un effet très néfaste sur les intestins. L'alcool peut tuer les bactéries intestinales bénéfiques et irriter la muqueuse de l'estomac, ce qui entraîne une affection appelée gastrite. Les personnes qui font une consommation excessive d’alcool sur une base régulière présentent un taux plus élevé de stress oxydatif induit par l’alcool et de dysbiose intestinale. Conséquence, ils auront plus de risque d’inflammation du tractus gastro-intestinal et d’hyperperméabilité intestinale.

En cas de consommation chronique d'alcool, les dérivés réactifs de l'oxygène produit par le métabolisme de l'alcool peuvent entraîner une inflammation chronique de l'intestin, susceptible d'augmenter la perméabilité intestinale et de modifier la composition du microbiote.

Toutefois, il semble qu'il y ait des exceptions. En effet, selon une nouvelle étude portugaise, publiée dans la revue scientifique Journal of Agriculture and Food Chemistry de l'American Chemical Society, la bière blonde, à faible dose, pourrait également améliorer le microbiote intestinal des hommes. 

"Les conclusions de cette étude montrent que la consommation de bière blonde augmente la diversité bactérienne intestinale sans modifier de manière significative le poids corporel", a assuré l'auteure principale, Ana Faria, professeur à l'Université Nova de Lisbonne, au Portugal. Boire de la bière en quantité limitée pourrait donc être une solution pour renforcer la flore intestinale : "Une bière par jour, avec ou sans alcool, peut être utilisée comme stratégie pour améliorer notre microbiote, dans le cadre d'une alimentation bien équilibrée.”

5 - Ne pas consommer trop d’antibiotiques

Selon une étude de 2020, mieux vaut éviter de consommer trop d’antibiotiques pour préserver la santé de votre intestin. En effet, ces médicaments très forts peuvent détruire les bactéries saines qui composent le microbiome intestinal. Selon une étude publiée en 2020 dans la revue Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, "l'utilisation d'antibiotiques peut avoir plusieurs effets négatifs sur le microbiote intestinal, notamment la réduction de la diversité des espèces, l'altération de l'activité métabolique et la sélection d'organismes résistants aux antibiotiques".

Cette étude démontre également que “l'exposition aux antibiotiques pendant la petite enfance peut entraîner plusieurs troubles gastro-intestinaux, immunologiques et neurocognitifs”.

Dysbiose intestinale : quelles conséquences ?

Dysbiose intestinale : quelles conséquences ?© Adobe Stock

Le microbiote intestinal est essentiel pour rester en bonne santé. Les chercheurs avancent constamment dans la compréhension des liens entre ses déséquilibres intestinaux et certaines pathologies, en particulier parmi les maladies auto-immunes et inflammatoires.

1 - Des pathologies digestives

Le microbiote intestinal agit sur le fonctionnement global du tube digestif. Lorsqu’il est déséquilibré, des premiers troubles apparaissent : ballonnements, flatulences, transit perturbé, etc. Ces signes peuvent être ressentis après un repas ou indépendamment des prises alimentaires, ou encore de manière ciblée lors de la consommation d’aliments particuliers.

Si la dysbiose intestinale n’est pas prise en charge, la diversité des micro-organismes s'affaiblit et d’autres pathologies plus ou moins sérieuses peuvent alors s’installer, comme les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI). Elles regroupent la maladie de Crohn (MC) et la rectocolite hémorragique (RCH).

“Toutes deux se caractérisent par une inflammation de la paroi d’une partie du tube digestif, due à une dérégulation du système immunitaire intestinal”, détaille l’Inserm. “Les causes potentielles de cette dysbiose pourraient être d’origine alimentaire (régime gras et sucré, sans fibre, qui limite les bactéries productrices d’acides gras à courtes chaînes bénéfiques), infectieuse (épisodes aigus de gastroentérite infectieuse), ou environnementale (traitements antibiotiques répétés, exposition insuffisante aux pathogènes pendant l’enfance).”

2 - Des troubles psychiques

On a tendance à dire que l’intestin est notre deuxième cerveau. Physiologiquement, cela a tout son sens, car il comprend de nombreuses cellules neuronales. Mais les dernières études tendent à montrer qu’un déséquilibre de la flore intestinale peut également perturber notre humeur.

Dans une étude publiée en mars 2021 dans la revue Molecular Psychiatry, les chercheurs de l’Inserm mettent en évidence le l ien entre les troubles dépressifs et un régime alimentaire pro-inflammatoire (riche en acide gras saturés, en sucre, et en produits raffinés). À l’inverse, une alimentation riche en fruits et légumes, poisson et céréales est associée à une diminution de 33 % d’un risque de dépression.

“Les résultats de notre étude montrent l’importance de nos habitudes alimentaires dans la survenue de troubles dépressifs et encouragent à généraliser le conseil nutritionnel lors des consultations médicales”, a déclaré Tasnime Akbaraly, chercheuse Inserm en charge de l’étude.

En outre, la consommation de probiotiques naturels peut avoir des effets bénéfiques sur le microbiote. 

3 - Un lien avec les maladies neurodégénératives ?

Dans une interview pour Arte, le Pr Harry Sokol explique que le microbiote des personnes atteintes de maladies neurodégénératives (Parkinson, Alzheimer, etc) est endommagé et ne remplit plus correctement ses fonctions. Néanmoins, il précise qu’il faut rester prudent sur les conclusions car les chercheurs ne connaissent pas encore le rôle exact de ce microbiote, et ne savent pas s’il joue un rôle mineur ou majeur.

Les maladies chroniques liées à la flore intestinale

Les maladies chroniques liées à la flore intestinale© Adobe Stock

On appelle “maladie chronique”, une maladie de longue durée et évolutive. Elle a également un r etentissement plus ou moins important sur la vie quotidienne, en générant des incapacités, voire des complications graves.

1 - Le diabète de type 2

Des chercheurs de l’Inserm, de Sorbonne Université, de l’AP-HP et d’INRAE en collaboration avec une équipe suédoise, ont publié une étude sur les risques du dérèglement du microbiote intestinal lié à une alimentation déséquilibrée. Cela favoriserait les maladies métaboliques comme le diabète.

Plus précisément, les scientifiques montrent qu’un dérèglement du microbiote intestinal entraîne une augmentation des niveaux sanguins de propionate d’imidazol, une molécule connue pour rendre les cellules de l’organisme résistantes à l’insuline et augmenter le risque de diabète de type 2.

2 - Les maladies cardiovasculaires

Les maladies cardiovasculaires (athérosclérose, hypertension, AVC, insuffisance cardiaque, etc) possèdent une origine multifactorielle, à la fois génétique, environnementale et nutritionnelle. “La part respective de chacun de ces facteurs est variable d’un individu à l’autre et les mécanismes moléculaires sous-jacents à chacun d’entre eux restent à décrire précisément. Cependant, il apparaît de plus en plus clairement que le microbiote intestinal joue un rôle dans leur genèse”, avance l’Inserm.

Sur ce sujet, une récente étude publiée en 2019 dans Plos One montre qu’une altération du microbiote intestinal et du microbiote oral sont liés, et que tous deux peuvent servir à prédire le risque cardiovasculaire d’un individu.

3 - Les risques d’allergie et d’asthme

Depuis 45 ans, il y a une hausse constante des personnes allergiques en France. L’Organisation mondiale de la santé estime que la moitié de la population mondiale sera allergique en 2050. Par ailleurs, 80 % des asthmes sont d’origine allergique.

De nombreuses études basées sur les statistiques montraient déjà que les enfants vivant au contact d’animaux fermiers et donc d’un plus grand nombre d’agents microbiens, développaient moins d’allergies au cours de leur vie que les enfants des villes. De façon concomitante, d’autres ont montré que lorsque des souris été traitées dès les premiers jours de leur vie par des antibiotiques, (détruisant une partie de leur microbiote), ces dernières développaient une plus grande sensibilité aux allergies.

En 2015 l’Institut Pasteur a réussi à élucider les mécanismes sous-jacents de ces constats. Les scientifiques ont ainsi prouvé que la présence de microbes dans la flore intestinale bloquait spécifiquement les cellules immunitaires responsables du déclenchement des allergies.

4 - L'asthme pédiatrique

Des chercheurs canadiens ont analysé les données de diagnostics d'asthme et de prescriptions d'antibiotiques en Colombie-Britannique ainsi que le microbiote intestinal de 2 644 enfants entre 2000 et 2014. Il en résulte que l 'incidence de l'asthme chez les enfants âgés de 1 à 4 ans a été réduite de 7,1 % en valeur absolue, passant de 27,3 % à 20,2 %. En parallèle, la prescription d’antibiotiques a fortement reculé passant de deux enfants sur trois qui en consommaient en 2000 à un sur trois en 2014. Les auteurs de l’étude concluent qu’une dysbiose du microbiote intestinal chez les nourrissons liée à la prise d’antibiotique pourrait expliquer de nombreux cas d'asthme infantile.

Sources

Le nouveau guide des probiotiques, Dr Daniel Sincholle, Thierry Souccar Editions 2018

https://www.euphytosegamme.fr/confort-intestinal/microbiote/microbiote-intestinal

Gut Health Tips That Really Work, Eat This, Not That !, 24 avril 2022.

https://www.eatthis.com/news-gut-health-tips-that-really-work/ 

https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/ 

https://www.health.harvard.edu/vitamins-and-supplements/health-benefits-of-taking-probiotics 

https://presse.inserm.fr/un-dereglement-du-microbiote-est-associe-a-la-formation-dune-molecule-favorisant-le-diabete-de-type-2/41586/ 

https://presse.inserm.fr/ameliorer-son-alimentation-pourrait-proteger-de-la-depression/32671/ 

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25870193/ 

https://www.pasteur.fr/fr/comment-microbiote-bloque-allergies 

https://asthme-allergies.org/faits-chiffres-comprendre-lallergie/ 

https://www.inserm.fr/dossier/maladies-inflammatoires-chroniques-intestin-mici/

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32220282/

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