De nouveaux variants du Sars-CoV-2 se développent sans cesse ; c’est un processus naturel qui survient lors de la reproduction du virus. En effet, lorsque le matériel génétique du virus est répliqué, des erreurs peuvent être faites, c’est ce que les scientifiques appellent des mutations. Alpha, Delta, Omicron, BA.4, BA.5… Les divers variants peuvent avoir des caractéristiques différentes, notamment concernant sa vitesse de propagation ou encore sa façon de contourner le système immunitaire.

De ce fait, les autorités sanitaires surveillent constamment les variants qui sont classés en trois catégories : les variants d’intérêt, ceux préoccupants et ceux à haut risque. Pour les repérer, les laboratoires utilisent un système de séquençage pour déterminer le variant du virus ayant infecté un individu. Or, cette procédure n’est pas systématique, elle ne peut se faire qu’après un test RT-PCR et en plus, elle prend plusieurs jours à chaque fois. Ce nouveau test mis au point par des chercheurs américains pourrait donc changer la donne.

Test de dépistage : déterminer le variant pour adapter le traitement

“Grâce à ce test, nous pouvons déterminer très rapidement quels variants existent dans la communauté et si une nouvelle combinaison du virus émerge”, a déclaré le Dr SoRelle, professeur adjoint de pathologie et auteur principal de l’étude. “Cela a également des implications pour les patients individuels lorsque nous avons affaire à des variants qui répondent différemment aux traitements.”

Avec ses collègues, ils ont développé CoVarScan, un test du Covid-19 rapide qui détecte les signatures de huit “points chauds” du Sars-CoV-2. Après l’avoir testé auprès d’échantillons d’écouvillons nasaux de plus de 4 000 malades, l’équipe rapporte dans Clinical Chemistry que leur test est aussi précis que les autres méthodes utilisées pour diagnostiquer le Covid et qu’il peut différencier avec succès tous les variants actuels.

Grâce à ces résultats, les médecins ont pu choisir des anticorps monoclonaux plus efficaces contre certaines souches infectant les patients gravement malades.

Coronavirus : un test qui détecte ses petites mutations

CoVarScan est capable de détecter les petites mutations et de mesurer la longueur des régions génétiques répétitives qui ont tendance à croître et à rétrécir à mesure que le virus évolue. La méthode repose sur la réaction en chaîne par polymérase (PCR) - une technique courante dans la plupart des laboratoires de pathologie - pour copier et mesurer l’ARN sur ces huit sites d’intérêt.

En comparaison avec la méthode classique de séquençage du génome entier, ce test a une sensibilité de 96 % et une spécificité de 99 %. Il a identifié et différencié les variants Delta, Mu, Lambda et Omicron du Covid-19, y compris le sous-variant BA.2.

“Une critique courante de ce type de test est qu’il nécessite un ajustement constant pour les nouveaux variants, mais CoVarScan n’a eu besoin d’aucun ajustement depuis plus d’un an ; il fonctionne toujours très bien”, a déclaré le Dr SoRelle. “À l’avenir, si nous devions l’ajuster, nous pourrions facilement ajouter jusqu'à 20 ou 30 points chauds supplémentaires au test.” Le Dr SoRelle souhaite continuer à développer CoVarScan pour le commercialiser.

Sources

Multiplex Fragment Analysis for Flexible Detection of All SARS-CoV-2 Variants of Concern, Clinical Chemistry

https://medicalxpress.com/news/2022-07-rapid-covid-variants-hours.html 

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