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Le microbiote humain correspond aux milliards de bactéries hébergées par notre organisme. Il y en aurait entre 500 et 100 000 espèces, pour un poids total de 1 à 2 kg. Parmi elles, la flore intestinale corresponds aux bactéries digestives, qui participent à notre bonne digestion et dégradent certains déchets toxiques.

Plus encore, elles contribuent à renforcer notre système immunitaire et nous protègent contre de nombreux agents pathogènes. Si une flore bien diversifiée va généralement de pair avec une bonne santé, un déséquilibre du microbiote intestinal pourrait favoriser la survenue de pathologies comme la maladie de Crohn, voire le diabète ou l’obésité. Des études ont, en tout cas, montré une corrélation entre le microbiote et ces maladies.

Existe-t-il également un lien entre ces bonnes bactéries qui font partie intégrante de notre organisme et la Covid-19 ? Au regard de plusieurs études, la réponse est oui.

Covid-19 et dysbiose intestinale : un cercle vicieux

Des chercheurs de l’université de Binzhou (Chine), menés par le Pr Lei Pan, ont suivi 204 malades de la Covid-19, diagnostiqués grâce à un test RT-PCR. D’après leurs observations, près de la moitié d’entre eux souffraient de troubles digestifs, qui se sont aggravés en même temps que l’infection au coronavirus empirait.

D’autres travaux, publiés dans The New England Journal of Medicine le 5 mars 2020, ont mis en évidence la présence de l’ARN viral (autrement dit, le matériel génétique du virus) dans les selles de patients. Une étude publiée dans la revue Gastroenterology a, quant à elle, révélé la présence de virus vivants dans les matières fécales émises par les malades. Ce qui suppose une présence du SARS-CoV-2 dans les intestins des personnes contaminées.

Les récepteurs ACE2, auxquels s’accroche le virus, sont nombreux dans les intestins

On sait d’ailleurs que le nouveau coronavirus infecte les cellules dotées à leur surface du récepteur ACE2. Les protéines S, qui enveloppent le virus, s’associent avec ce fameux récepteur, très présent dans les cellules du système respiratoire… Mais aussi dans le tube digestif ! Ce qui fait de la muqueuse intestinale un réservoir idéal pour le SARS-CoV-2.

En cas de déséquilibre de la flore intestinale, ces récepteurs seraient encore plus nombreux dans les intestins, ce qui pourrait favoriser encore plus la prolifération du virus dans cet organe.

Maladie chronique de l’intestin : plus de risque de Covid-19 sévère

Par ailleurs, une étude menée auprès de 1 099 malades du Covid-19 dans 552 hôpitaux chinois a montré un lien entre le coronavirus et les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, comme la maladie de Crohn. Les patients qui souffrent déjà d’une telle maladie semblent plus susceptibles de développer une forme sévère de Covid-19. Les chercheurs supposent que le déséquilibre de la flore intestinale chez ces patients pourrait favoriser le processus inflammatoire induit par le coronavirus, et ainsi aggraver ses symptômes.

Un cercle vicieux pourrait s’ensuivre, puisque l’inflammation causée par le coronavirus va, à son tour, perturber le microbiote. Au risque de provoquer une détresse respiratoire. En procédant au séquençage du microbiote de patients décédés suite au Covid-19, des chercheurs chinois ont observé un déclin significatif des Bifidobactéries et des Lactobacilles, nécessaires au bon fonctionnement du système digestif. À l’inverse, des bactéries opportunistes comme les Corynebacterium ou Ruthenibacterium étaient présentes en plus grand nombre.

Bactérie Prevotella, hôte du coronavirus ?

L’ADN du virus a été retrouvé à l’intérieur même de bactéries de type Prevotella. Cela suggère que le virus serait capable aussi bien d’infecter les cellules humaines que les bactéries. Les infections à Prevotella étant déjà réputées pour provoquer des symptômes respiratoires, une combinaison avec le SARS-CoV-2 pourrait donner lieu à des signes plus sévères.

Pour le Dr Karim OUALI Nutritionniste-Conférencier, “s’il s’avère que le Covid-19 est bien une infection mixte (virale et bactérienne) on comprend l’intérêt d’associer l’hydroxychloroquine et l’antibiothérapie (azithromycine), consacré par le Pr Didier Raoult, et en particulier l’azithromycine qui est active sur Prevotella et sur les microbes intracellulaires”.

Les collectes fécales suspendues par l’ANSM

La confirmation de la présence du coronavirus dans les selles, et sa capacité à se répliquer dans le tube digestif, a conduit l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) à renforcer les mesures de précautions lors des prélèvements et transplantations de matière fécale.

Dans une décision rendue le 16 mars 2020, elle précise que “le caractère infectieux du virus détecté dans les selles et le risque de transmission via une transplantation de microbiote fécal ne peuvent être écartés, ce qui constitue un risque pour la santé de patients présentant par ailleurs d’autres affections”.

C’est pourquoi, en cette période d’épidémie, la transplantation fécale ne pourra plus être exercé que sur des patients dont le pronostic vital est engagé, et pour lesquels il n’existe pas d’alternative thérapeutique. Les médecins doivent utiliser en priorité les stocks préparés avec des dons collectés avant le 30 janvier 2020, date à laquelle le virus a commencé à circuler sur le territoire.

Les dons collectés après cette date ont été placés en quarantaine, et la collecte de selles est pour l’instant suspendue. Après épuisement des stocks “sains”, l’ANSM précise que des prélèvements exceptionnels pourront être réalisés, pour traiter les patients dont le pronostic vital est engagé.

L’administration “pourra être réalisée pour ces patients à partir du don d’un donneur unique, sous réserve de réaliser :

  • une sélection clinique complémentaire par rapport à la sélection clinique habituellement prévue, à savoir :
    • examen clinique à la recherche d’une infection respiratoire fébrile,
    • questionnaire spécifique permettant de rechercher un séjour dans une zone à risque et/ou un contact avec un patient symptomatique, dans les 28 jours précédant le don ;
  • une recherche du génome viral SARS-CoV-2 par amplification génique (RT-PCR) sur un prélèvement naso-pharyngé et sur un échantillon des selles du donneur”.

Des probiotiques contre les symptômes du Covid ?

La prise de probiotiques peut-elle aider les patients qui souffrent de symptômes gastro-intestinaux ? C’est ce que suggère une étude, publiée le 1er février dans le Journal de l’université de Zhejiang. Pour les patients présentant une diminution des Lactobacillus et Bifidobacterium, “un soutien nutritionnel et l'application de prébiotiques ou de probiotiques ont été suggérés pour réguler l'équilibre du microbiote intestinal et réduire le risque d'infection secondaire due à la translocation bactérienne”.

Ces travaux ne précisent pas si ce traitement s’est avéré efficace pour rétablir la flore intestinale et réduire les symptômes gastro-intestinaux liés au Covid-19 chez l’homme. En revanche, une souche de Lactobacillus plantarum, testée sur le cochon, a permis d’empêcher l’infection des cellules épithéliales intestinales par le coronavirus entérique porcin.

Des travaux ont aussi montré que Lactobacillus brevis peut empêcher la bactérie Prevotella de former des biofilms lui permettant de se mettre à l’abri du système immunitaire et des antibiotiques.

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Sources

Clinical characteristics of COVID-19 patients with digestive symptoms in Hubei, China: a descriptive, cross-sectional, multicenter study. 

First Case of 2019 Novel Coronavirus in the United States, NEJM, 5 mars 2020. 

Evidence for Gastrointestinal Infection of SARS-CoV-2, Gastroenterology, 3 mars 2020. 

Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China, NEJM, 28 février 2020. 

Sequencing data (N=3) shows Wuhan coronavirus integration in bacteria (Prevotella mostly). Sequencing artifact - or is the virus infecting both bacterial and human cells?, OSF, 1 mars 2020. 

Management of corona virus disease-19 (COVID-19): the Zhejiang experience, Journal of Zhejiang University, 1 février 2020. 

Décision du 16/03/2020, ANSM. 

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