"Un nouveau variant COVID-19 a été détecté à l'IHU Méditerranée Infection issu de patients de Forcalquier. Il a été baptisé variant IHU et déposé sur GISAID sous le nom de B.1.640.2". C’est ce qu’écrit l’établissement, dirigé par Didier Raoult, dans son tweet le 9 décembre 2021. L’institut marseillais a présenté les résultats de ses recherches dans une “pré-publication”.

Il s'agit d'une étude qui n'a pas encore été relue ou validée par d’autres scientifiques. Cependant, l’information a été massivement reprise par la presse étrangère, conduisant l’OMS à évoquer le sujet afin de rassurer le grand public.

Variant IHU : une mutation d’abord découverte au Congo

Pour la première fois détecté fin septembre en République du Congo, la mutation B.1.640.2 est issue d’un sous-lignage du variant B.1.640. Elle a été identifiée fin octobre par le laboratoire Cerba, à Paris. Toutefois, c'est l’équipe anglaise - dirigée par Thomas Peacock, virologue à l'Imperial Department of Infectious Disease - qui a été la première à demander, le 7 décembre, la séparation la mutation B.1.640 en deux branches : B.1.640.1 et B.1.640.2.

Santé Publique France a confirmé l’information dans un rapport du 15 décembre. “Depuis le 8 décembre 2021, le lignage B.1.640 a été divisé en deux sous-lignages : B.1.640.1 et B.1.640.2", explique l'établissement public.

Pour le moment, ce variant est responsable d'environ 300 cas positifs, ce qui représente moins de 1 % des contaminations.

B.1.640 : faut-il s’en inquiéter ?

Classé comme VUM (variants under monitoring), autrement dit “variant sous surveillance” depuis le mois de novembre, il est aussi catégorisé en SPF. Cela veut dire que pour le moment, il suscite une “absence d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique”, écrit l’OMS.

Pour l'instant, les données de santé ne font pas la distinction entre les sous-lignages. Cela complique son identification. Néanmoins, la pré-étude de l’IHU de Marseille est parvenue à recenser 12 cas de patients porteurs du variant B.1.640.2.

En ce qui concerne le variant B.1.640, sa présence en France reste faible. Elle représente 0,6 % des parts de prélèvements pour l’enquête Flash pour la semaine du 6 décembre, et 0,9 % pour celle du 13 décembre. “Les régions ayant rapporté le plus grand nombre de cas au 27 décembre 2021 sont les Hauts-de-France (188), l’Île-de-France (171) et la Normandie (146)”, continue Santé Publique France.

Il n'est pas rare qu'une mutation suivie par les scientifiques, soit finalement écartée face au peu de cas enregistrés. Ainsi, depuis le début de la pandémie, 17 variants mis sous surveillance ont été déclassés.

Actuellement, la véritable source d’inquiétude de la communauté médicale reste la mutation Omicron. L’OMS rappelle que ce n’est pas le cas du “variant IHU”, notamment parce que depuis novembre dernier, il ne s'est pas imposé face à d'autres variants et s'est peu diffusé.

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Sources

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.24.21268174v1.full

https://www.santepubliquefrance.fr/dossiers/coronavirus-covid-19/coronavirus-circulation-des-variants-du-sars-cov-2

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/362

https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-30-decembre-2021

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