Covid-19 : les régions où les variants circulent le plus

Les variants du coronavirus sont de plus en plus présents sur le territoire français, et les autorités sanitaires suivent de près leur évolution. Afin d’établir une cartographie de leur diffusion, le CNR Virus des infections respiratoires et Santé publique France ont proposé aux laboratoires de mener une enquête Flash - la deuxième en date - sur les prélèvements des tests RT-PCR aux résultats positifs.

Cette étude, menée le 27 janvier 2021, consistait à séquencer les échantillons nasopharyngés des personnes contaminées par la Covid-19, afin de déterminer si ces dernières étaient porteuses du coronavirus “classique” ou d’un de ses variants (britannique, sud-africain ou brésilien). Les résultats leur ont permis d’avoir un premier aperçu des régions où ces mutations du virus circulent le plus. Nous vous les dévoilons dans ce diaporama.

17,5 % de suspicion de variants parmi les tests PCR positifs

Au total, 234 laboratoires de biologie médicale, répartis sur 15 régions de France métropolitaine et d’Outre-mer, ont participé à ces travaux. Cela représente 119 333 prélèvements RT-PCR sur la journée étudiée, dont 10 152 positifs. Ce sont ces derniers qui ont ensuite été séquencés, à la recherche des variants. Leurs résultats finaux ont été réceptionnés le 10 février.

L’analyse de ces données a permis de dénombrer :

• 13,2 % de suspicions de variants britanniques, pour les 87 laboratoires ayant utilisé un criblage par technique TFS.
• 17,5 % de suspicions de variants britanniques, sud-africains et brésiliens, pour les 136 laboratoires utilisant un criblage par RT-PCR spécifique, recherchant la mutation N501Y.

Ce sont les données de ces 136 laboratoires, s’intéressant aux trois types de variants, que nous vous présentons dans ce diaporama. Compte tenu de faibles effectifs (nombre insuffisant de laboratoires participants ou d’échantillons analysés), les résultats pour la Corse, la Guadeloupe, La Réunion et la Bourgogne-Franche-Comté ne sont pas mentionnés.

“Pour les autres régions, les résultats confirment une augmentation de la proportion de suspicions de variants parmi l’ensemble des RT-PCR positives”, indique Santé Publique France dans son rapport.