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Le gynécologue-obstétricien Jean-Marie Boegle, qui exerçait à Mulhouse, est décédé du coronavirus ce dimanche 22 mars, à l’âge de 66 ans. Une mort qui vient s’ajouter à une liste, déjà longue, de victimes.

Mais ce qui interpelle dans l’histoire de ce médecin, c’est qu’il s’était fait dépister du coronavirus après l’apparition des premiers symptômes… avec un résultat négatif. Quelques jours plus tard, un second test est, cette fois-ci positif. Mais il est alors trop tard puisque, très vite, le sexagénaire tombe dans le coma. Aussi, il est possible de s’interroge sur la fiabilité des tests actuellement pratiqués en France.

Covid-19 : quel test de diagnostic est pratiqué en France ?

À l’heure actuelle, le test de diagnostic COVID-19 réalisé dans l’Hexagone a été élaboré par le Centre national de référence des virus des infections respiratoires de l’Institut Pasteur. Celui-ci est disponible dans les établissements de santé de références, et n’est actuellement pratiqué que sur les personnes qui présentent des signes de détresse respiratoire aiguë. Selon les informations du ministère de la Santé, communiquées à Libération, “45 établissements disposent actuellement d’un laboratoire pouvant procéder à ces analyses”.

“Il s’agit d’un test de type RT-PCR”, précise le Dr Slim Fourati, virologue au sein de l’Hôpital Henri-Mondor. Cette technique in vitro permet de détecter l’ARN viral du coronavirus à partir de prélèvements nasopharyngés. Plus simplement, elle consiste à “amplifier le gène du virus, pour essayer d’identifier son génome dans les sécrétions du patient”, explique le Dr Hugo Chaix, généraliste pour SOS Médecins.

“Bien que plusieurs firmes et laboratoires développent des tests diagnostics à travers le monde, tous sont des RT-PCR”, indique le Dr Fourati. La technique de dépistage est donc la même partout, même si des variantes peuvent se présenter selon les pays. “En France, par exemple, deux éléments du génome du virus sont recherchés dans les sécrétions, contre trois en Allemagne”, ajoute le Dr Chaix.

Coronavirus : que sait-on sur la fiabilité du test diagnostic ?

Pour le Dr Gérald Kierzek, médecin urgentiste à l'hôpital Hôtel-Dieu (AP-HP) de Paris et auteur de Coronavirus - Comment se protéger ? (éd. Archipoche - droits reversés à l’Institut Pasteur), les tests actuels manquent de fiabilité. “Les équipes hospitalières estiment qu’ils présentent moins de 60 % de sensibilité”, indique-t-il.

“Un test idéal de dépistage, c’est une sensibilité de 100 % et une spécificité de 100 %. Ceux que l’on pratique actuellement ont une bonne spécificité - s’ils sont positifs, il n’y a pas de doute à avoir - mais une mauvaise sensibilité”. Autrement dit, si le virus n’est pas détecté dans le prélèvement, ce n’est pas forcément qu’il n’y a pas de virus. “Selon le moment du prélèvement et la technique employée, il peut y avoir plus ou moins de faux négatifs”, ajoute le médecin.

Des propos qui concordent avec ceux du Dr Chaix, de SOS Médecins, qui évoque un taux de faux négatifs qui se situeraient entre 20 et 30 %, sans pour autant pouvoir l’affirmer avec certitude. Il précise toutefois que ces chiffres sont très évolutifs, “d’autant que de nouveaux tests pourraient arriver en France d’ici une quinzaine de jours. Nous allons vers des tests de plus en plus fiables”.

En laboratoire, la confiance dans ces tests est plus marquée

Le virologue Slim Fourati, qui effectue ces tests au quotidien, reconnaît que “des études menées en Chine ont montré qu’ils pouvaient manquer de précision”. Mais il ajoute que “les prélèvements réalisés là-bas (du pharynx, voire salivaires) ne sont pas les mêmes qu’en France, où nous effectuons des prélèvements nasopharyngés, beaucoup plus sensibles”. Le spécialiste est d’ailleurs très confiant quant à la sensibilité des tests actuels.

De son côté l’entreprise CliniSciences, qui commercialise des réactifs pour la recherche médicale et scientifique - et notamment les outils nécessaires au test coronavirus - précise sur son site : "La sensibilité analytique est de 1 copie par réaction (100 copies/mL) de l'ARN viral du SRAS-CoV-2 avec un niveau de confiance de 95 %. Le test est très spécifique sans réaction croisée avec différents types d'espèces non-SARS-CoV-2 testées".

La fiabilité du test peut-elle varier selon l’évolution de la maladie ?

Le gynécologue mulhousien avait été testé négatif au SARS-CoV-2, avant que ses symptômes ne s’aggravent et qu’un second test infirme le précédent. La sensibilité du dépistage serait-elle différente selon le moment où il est effectué ? Une idée qui concorde avec les propos du Dr Kierzek, cités précédemment : “selon le moment du prélèvement et la technique employée, il peut y avoir plus ou moins de faux négatifs”.

Pour le Dr Chaix, c’est effectivement une possibilité. “A priori, la fiabilité serait meilleure quelques jours après l’apparition des premiers symptômes, et notamment lorsqu’ils s’aggravent, que dans les deux premiers jours. Il y aurait alors plus de virus dans les sécrétions”.

Le généraliste tempère néanmoins : “ce n’est qu’une supposition ; et cela ne veut pas dire pour autant qu’il faut préconiser aux patients d’attendre avant de faire le test, surtout que ce dernier évolue et va être de plus en plus fiable”.

Une charge virale élevée rendrait le test plus efficace

Le Dr Fourati, quant à lui, aurait plutôt observé l’inverse. Si la sensibilité du test pourrait bien varier selon la phase de la Covid-19, il semble que ce soit plutôt au début de la maladie que la charge virale est la plus élevée. “Le test de dépistage pourrait donc être plus fiable au moment où les premiers symptômes apparaissent”.

Toutefois, le virologue atténue, lui aussi, ses propos. “Peut-être que, plus tard dans la maladie, la charge virale va diminuer et donc le test sera moins sensible. Mais on n’a pas encore de données sur ce point, ce n’est qu’une supposition”. Si la fiabilité du test semble donc effectivement varier selon le moment où il est effectué, il est pour l’instant difficile de déterminer à quel moment il serait le plus sûr.

Vers des tests plus fiables dans les prochaines semaines

Au regard des différents avis précédents, il ne semble pas possible, à ce jour, de déterminer avec certitude le taux de fiabilité des tests disponibles. Mais il est probable que celui-ci tende à s’améliorer au fil des semaines, comme l’indiquait le Dr Chaix.

En effet, d’autres laboratoires travaillent actuellement sur leurs propres outils de diagnostic, dont on peut citer quelques exemples. La société Roche a ainsi obtenu l’autorisation de l’Union Européenne et des États-Unis pour les tests moléculaires Cobas qu’elle a mis au point. Le procédé utilisé les rend accessibles à la plupart des laboratoires de villes, et permet d’obtenir des résultats en 3h30, de manière automatisée.

Des résultats fiables bientôt possibles en moins d’une heure

L’entreprise Mérieux, basée en France, développe de son côté un test basé sur un échantillon respiratoire, qui devrait voir le jour à la fin du mois. Il pourrait ensuite être intégré dans un petit boîtier de diagnostic in vitro, capable de donner un résultat fiable et complètement automatisé en 45 minutes.

Enfin, l’université d’Oxford a annoncé le 18 mars qu’elle avait mis au point un test “beaucoup plus rapide et ne nécessitant pas d'instrument compliqué”. Celui-ci promet un résultat très précis en seulement une demi-heure, et contient des contrôles intégrés pour éviter les faux positifs ou négatifs. Les chercheurs travaillent au développement d'un dispositif intégré, afin que ce “kit de détection rapide” puisse être utilisé dans les cliniques, les aéroports, ou même pour un usage domestique.

Pourquoi pratique-t-on moins de tests en France ?

Environ 5 000 tests de dépistage du coronavirus sont pratiqués chaque jour en France, contre 160 000 par semaine en Allemagne (soit près de 23 000 par jour). Pour le Dr Chaix, deux éléments peuvent contribuer à expliquer cette différence. “D’une part, il y a la disponibilité des tests. Les réactifs, essentiellement importés de Chine et des États-Unis, peuvent manquer. Il est aussi possible que nous ayons moins de moyens humains”, détaille-t-il.

“D’autre part, les indications de l’OMS ont évolué, et il est aussi possible que l’Allemagne ne soit pas au même stade de l’épidémie que la France”. Lorsque nous étions encore en phase de clusters - au stade 2 - la consigne initiale de l’Organisation Mondiale de la Santé était de ne tester que les patients symptomatiques et s’étant rendus dans une zone à risque. Le but était alors d’identifier les foyers épidémiques, pour éviter la propagation du virus.

“Lorsque la France est passée au stade 3, nous n’étions plus en mesure de contrôler la propagation du virus. La politique de dépistage a donc changé. Il suffit que l’Allemagne ne soit pas encore en phase épidémique, ou que le pays ait eu une phase de cluster plus longue, pour qu’il ait testé plus de monde”, ajoute le médecin.

Des dépistages massifs après la levée du confinement

Désormais, l’OMS préconise le dépistage massif de la Covid-19. Pourtant, la France continue à ne tester que les patients dont les symptômes sont déjà graves. Le ministre de la santé Olivier Véran a néanmoins annoncé que la France allait faire “évoluer rapidement sa stratégie de dépistage”, pour passer d’un “usage rationnel” des tests à un “dépistage massif”. Mais celui-ci n’interviendra qu’au “moment de lever le confinement”.

L’idée est donc d’économiser le matériel disponible pendant le confinement, en prévision de sa levée. Le but : “ré-identifier les patients symptomatiques après la levée du confinement, pour pouvoir les isoler, un peu comme si on était encore en période de cluster”, explique le praticien de SOS Médecins.

Sources

Merci au Dr Hugo Chaix, médecin généraliste, au Dr Slim Fourati, virologue, et au Dr Gérald Kierzek, médecin urgentiste. 

Maladie Covid-19 (nouveau coronavirus), Institut Pasteur, mis à jour le 24 mars 2020. 

Coronavirus : bientôt plus de tests, plus rapides, plus sensibles, Libération, 18 mars 2020. 

Oxford scientists develop rapid testing technology for COVID-19, communiqué de l'Université d'Oxford, 18 mars 2020. 

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