Les variants Omicron et Delta ont-ils muté et fusionné ? Un chercheur de l'université de Chypre a annoncé avoir découvert une combinaison de Delta et Omicron baptisé "Deltacron" chez 25 malades. En France, entre le 28 décembre et le 3 janvier, 79% des nouveaux cas détectés étaient probablement liés à Omicron selon Santé publique France, alors que le variant Delta reste stable à un peu moins de 21%.

"Il existe actuellement des co-infections Omicron et Delta et nous avons trouvé cette souche qui est une combinaison des deux", a notamment indiqué à Sigma TV Leondios Kostrikis, professeur de biologie à l'Université de Chypre et chef du Laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire, selon l’agence Bloomberg.

La presse locale n’a pas manqué de relayé l’information, faisant craindre les conséquences de ce nouveau variant recombianant. Le virus en question contiendrait à la fois des mutations de Delta, et d’autres d’Omicron et 25 cas de "Deltacron" auraient été recensés, dont 11 patients hospitalisés, selon le Cyprus Mail. Le génome des cas positifs de ce probable nouveau virus ont été séquencés et déposés sur la base de données internationale Gisaid.

"Deltacron" : 25 cas recensés à Chypre

Certains scientifiques semblent sceptiques sur l’existence de ce nouveau variant. Gisaid permet de créer l’arbre généalogique du virus, la phylogénétique, mais ces séquences de ce potentiel nouveau variant ne sont pas au même endroit. "Les séquences chypriotes Deltacron dont parlent plusieurs grands médias semblent être assez clairement une contamination – elles ne se regroupent pas sur un arbre phylogénétique", affirmait ce samedi 8 janvier Tom Peacock, virologue au prestigieux Imperial College de Londres.

Selon lui, il pourrait simplement s’agir d’une erreur avec des variants s’étant retrouvés par erreur dans la même analyse. "Mélanger potentiellement de petites quantités (…) dans les laboratoires de séquençage - ce qui donne alors l’impression que le virus s’est mélangé en vie réelle - arrive assez souvent car de minuscules volumes peuvent entraîner ce problème", a indiqué Tom Peacock. Selon le virologue, les 25 cas dont il est question pourraient ainsi avoir été séquencés le même jour au même endroit.

"Deltacron" : nouveau variant ou erreur de labo ?

Cette remise en cause d’un potentiel nouveau variant est partagée par un chercheur français interrogé par Le Parisien. “L’analyse de Tom Peacock est très bonne. La distribution dans l’arbre de ces séquences est révélatrice, et ces problèmes de séquençage sont très fréquents, y compris avec Omicron", confirme Étienne Simon-Lorière, responsable de l’unité de génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur.

Le Pr Arnaud Fontanet a lui aussi "écarté" l’hypothèse d’un nouveau variant ce lundi 10 janvier auprès de RMC. Pour autant, même Leondios Kostrikis, qui croit en l’émergence de nouveau variant recombinant et qui a confirmé cette hypothèse ce dimanche 9 janvier, estime que "Deltacron" pourrait très bien être surpassé par la contagiosité du variant Omicron. "On verra à l'avenir si cette souche est plus pathologique ou plus contagieuse ou si elle prévaudra", a-t-il expliqué aux médias chypriotes.

Il n’en reste pas moins que les virus recombinants sont des hypothèses probables qui sont "le produit du croisement de deux virus parentaux" selon les précisions auprès du Parisien de Vincent Maréchal, professeur de virologie à Sorbonne-Université. On ne sait donc pas encore si le variant "Deltacron" existe réellement, mais s’il s’agit d’un événement rare, cela reste possible quand deux souches du virus circulent beaucoup comme en ce moment en Europe avec Delta et Omicron.

En février dernier, les variants britannique et californien ont fusionné pour former le premier "variant recombiné", présentant les caractéristiques de ses deux "parents".

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Sources

"Deltacron" : un variant recombinant de Delta et d’Omicron a-t-il vraiment été découvert ?, Le Parisien, 10 janvier 2022. 

https://www.leparisien.fr/societe/sante/deltacron-un-variant-recombinant-de-delta-et-domicron-a-t-il-vraiment-ete-decouvert-10-01-2022-QVNZ76QQOZGM5DUJVHZ3JVSYWQ.php?ts=1641808576265

Cyprus Finds Covid-19 Infections That Combine Delta and Omicron, Bloomberg, 10 janvier 2021. 

https://www.bloomberg.com/news/articles/2022-01-08/cyprus-finds-covid-19-infections-that-combine-delta-and-omicron

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